Совет института является основным органом самоуправления, который создается с целью решения основных вопросов деятельности института.
Совет МГЭИ им. А.Д. Сахарова БГУ в следующем составе:
1. Маскевич Сергей Александрович, директор — Председатель Совета
2. Позняк Сергей Степанович, заместитель директора по научной работе — заместитель Председателя Совета
3. Лысухо Наталья Александровна, ученый секретарь — секретарь Совета
4. Анджапаридзе Елизавета Гочаевна, студент 3 курса факультета МОС, староста
5. Батян Анатолий Николаевич, заведующий кафедрой экологической медицины и радиобиологии
6. Бокуть Сергей Борисович, заведующий кафедрой биохимии и биофизики
7. Бондарук Роман Сергеевич, студент 5 курса факультета ЭМ, староста группы, заместитель председателя Совета старост
8. Борщевская Татьяна Геннадьевна, начальник отдела воспитательной работы с молодежью
9. Бурова Наталья Сергеевна, студент 4 курса факультета ЭМ, заместитель председателя ППО студентов
10. Бученков Игорь Эдуардович, декан факультета экологической медицины
11. Герменчук Мария Григорьевна, начальник Республиканского центра по гидрометеорологии, контролю радиоактивного загрязнения и мониторингу окружающей среды (по согласованию)
12. Головатый Сергей Ефимович, заведующий кафедрой экологического мониторинга и менеджмента
13. Гончарова Надежда Вячеславовна, заведующий кафедрой ЮНЕСКО
14. Горская Вероника Александровна, студент 3 курса факультета МОС, староста группы, заместитель председателя Совета старост
15. Гричик Василий Витальевич, заместитель декана биологического факультета БГУ (по согласованию)
16. Довгулевич Наталья Николаевна, заведующий кафедрой иностранных языков
17. Жук Елена Юрьевна, заведующий кафедрой биологии человека и экологии
18. Журавков Владислав Владимирович, декан факультета мониторинга окружающей среды
19. 3афранская Марина Михайловна, заведующий кафедрой иммунологии
20. Иванюкович Владимир Александрович, заведующий кафедрой экологических информационных систем
21. Коктыш Ирина Владимировна, заведующий кафедрой экологической и молекулярной генетики
22. Красовский Владимир Иванович, заместитель директора по учебной и воспитательной работе
23. Кулак Антон Антонович, заведующий кафедрой физического воспитания
24. Лепская Нелли Дмитриевна, заведующий кафедрой философии, социологии и экономики
25. Малишевский Виктор Феликсович, заведующий кафедрой физики и высшей математики
26. Москальчук Леонид Иванович, начальник научно-исследовательского центра
27. Петровская Анна Валерьевна, студент 4 курса факультета ЭМ, секретарь БРСМ
28. Пашинский Василий Антонович, заведующий кафедрой энергоэффективных технологий
29. Платун Екатерина Владимировна, студент 4 курса факультета ЭМ, стипендиант Президентского фонда
30. Прищепа Иосиф Алексеевич, заведующий аспирантурой
31. Путик Владимир Станиславович, декан факультета повышения квалификации и переподготовки
32. Рачковская Татьяна Александровна, председатель профсоюзного бюро работников
33. Снытков Евгений Владимирович, магистрант факультета ФЭМ
34. Сыса Алексей Григорьевич, заведующий кафедрой радиационной гигиены и эпидемиологии
35. Тимощенко Андрей Игоревич, заведующий кафедрой ядерной физики БГУ (по согласованию)
36. Тонконогов Борис Александрович, начальник учебно-методического отдела
37. Тушин Николай Николаевич, заведующий кафедрой ядерной и радиационной безопасности
38. Чемеревский Дмитрий Александрович, студент 5 курса факультета МОС, староста
39. Шокель Мария Владимировна, студент 3 курса факультета ЭМ, представитель института в Студенческом союзе БГУ
40. Ясайте Мария Петровна, студент 3 курса факультета ЭМ