Образовательный процесс и научно-исследовательскую работу института обеспечивают:

12 кафедр:

• Кафедра экологических информационных систем
• Кафедра экологического мониторинга и менеджмента
• Кафедра энергоэффективных технологий
• Кафедра ядерной и радиационной безопасности
• Кафедра общей и медицинской физики
• Кафедра социально-гуманитарных наук и устойчивого развития

• Кафедра экологической химии и биохимии
• Кафедра иммунологии и экологической эпидемиологии
• Кафедра экологической медицины и радиобиологии
• Кафедра общей экологии, биологии и экологической генетики
• Кафедра лингвистических дисциплин и межкультурных коммуникаций
• Кафедра физического воспитания

31 учебная и научно-исследовательская лаборатории:

• механики;
• термодинамики и молекулярной физики Лаборатория оптики, квантовой физики;
• электричества и магнетизма;
• ядерной спектрометрии;
• радиохимии;
• дозиметрии;
• ядерной физики;
• механики сплошной среды;
• инструментальных методов анализа;
• дистанционных методов зондирования;
• электроники и экологической информатики;
• по учету, контролю и регулированию энергоресурсов;
• теплотехники;
• возобновляемых источников энергии;
• биогазовой (гидро-, ветро-, солнечной) энергетики;
• общей и экспериментальной биологии;
• «Биоиндикация и экологический мониторинг»;
• радиационной биохимии и биофизики;
• физической химии;
• общей и неорганической химии;
• иммунологии и микробиологии;
• радиационной гигиены и эпидемиологии;
• радиобиологии;
• нормальной физиологии;
• молекулярной медицины;
• молекулярных маркеров;
• экологической генетики;

а также учебно-научный центр «Волма».